Después de la primaria en la escuela municipal de Cormeilles en Parisis (ciudad natal de Daguerre), el joven Lafaye estudió en los renombrados liceos de Condorcet y de Henri IV (en el Barrio latino de Paris), con beca del Concurso nacional de becas de enseñanza secundaria; posteriormente se matriculó en la Sorbonne, con una beca ganada en el Concurso de la Ecole Normale Supérieure (rue d’Ulm). En la Khâgne (antaño llamada “Retórica superiorâ€) del liceo Henri IV, tuvo maestros tan prestigiosos como Jean Beaufret y Laurent Michard.
      Fue compañero de generación de: Cyrille Cahen, Claude Bataillon, Pierre Bourdieu, Pierre Hassner, Daniel de Coppet, Charles Malamoud, Paul Veyne, Guy Lafon, François d´Harcourt, Pierre Vidal-Naquet, François Bédarida…entre otros destacados intelectuales franceses, editados casi todos por el Fondo de Cultura Económica de México.
Siendo alumno de español de Pierre Darmangeat, Jacques Lafaye hizo notables progresos en esta especialidad, además tuvo el privilegio de ser admitido a cursos de verano de las universidades de Santander (Universidad Internacional Menéndez Pelayo, en que fue discÃpulo de José Manuel Blecua Teijeiro, y de nuevo en Jaca), Sevilla (La Rábida, donde se hizo amigo de Francisco Morales Padrón) y Jaca (Aragón, donde fue discÃpulo de José MarÃa Lacarra), gracias a la recomendación de Robert Ricard. Por haber sido estudiante del Institut hispanique de la Sorbonne, la Ecole Pratique des Hautes Etudes (IV y VI Section) y el Institut d’ethnologie de Paris (Musée de l’Homme), adquirió una formación antropológica (lato sensu), histórica, lingüÃstica y literaria.
Al fin, fruto de más de diez años de investigaciones por Europa y América, los tres últimos como miembro de la Casa de Velázquez, en Madrid, presentó una tesis titulada: “Quetzalcóatl et Guadalupe. La formation de la conscience nationale au Mexiqueâ€, que le valió, en 1971, el tÃtulo de doctor de Estado, por la Sorbona (Jurado presidido por Marcel Bataillon, e integrado por François Chevalier, Robert Ricard, André Saint-Lu, Silvio Zavala).
   Esta obra salió al público, en una versión compendiada, por la editorial NRF- Gallimard en 1974, (University of Chicago Press,1976; Fondo de Cultura Económica, México, 1977); se ha convertido en un libro clásico, que ha tenido reimpresiones y reediciones en estas tres lenguas.
Lafaye inició su carrera americanista en el Paris de posguerra bajo la égida del Dr. Paul Rivet (Fundador del Musée de l´Homme, de Paris y el Institut Français de l’Amérique Latine – IFAL, de México), a quien lo recomendó el Gobernador Marcel de Coppet. Estuvo con destacados maestros, discÃpulos o apadrinados de Rivet: Robert Ricard, Jacques Soustelle y Guy Stresser-Péan (fundador de la Mission ethnologique et archéologique française au Mexique), quienes lo iniciaron en el conocimiento del México prehispánico y la Nueva España.
Pero fue bajo el impulso decisivo de Marcel Bataillon, a quién conoció en el concurso de la Ecole Normale Supérieure, que el joven estudioso se dedicó a la exploración de la historia de las culturas ibéricas e iberoamericanas, con énfasis en las creencias religiosas de México.
Animado posteriormente en esta dirección por André Caquot, Secretario general de la Société Ernest Renan (Société française d’histoire des religions)
a la que J. L. fue elegido por unanimidad de la asamblea; con Georges Dumézil, todavÃa miembro del Consejo de la Société des Américanistes, llegó a profundizar y ensanchar su campo de investigación.
El apoyo temprano de Roger Caillois, Director de la División de Cultura de la UNESCO y la revista “Diógenesâ€, hizo posibles sus primeras publicaciones americanistas (como la del “Manuscrito Tovarâ€).
También gran viajero fuera de su paÃs, Lafaye ha dictado conferencias en las principales universidades de la América Latina, entre 1966 y el presente. En América del Norte ha tenido también notable presencia, entre 1974 y 1991, como fellow o visiting professor de las más prestigiadas entidades, y conferencista, principalmente en universidades de la Ivy League.
En Paris, durante diez años, de 1958 a 1968, Lafaye ha sido uno de los primeros maestros del Institut des Hautes Etudes de l’Amérique Latine, creado en 1954 por el Rector Jean Sarrailh, a la iniciativa de Paul Rivet y Marcel Bataillon, y dirigido por Pierre Monbeig.
Y en los trece años, de 1964 a 1977, en que se ha desempeñado como Secretario general (sucediendo en este cargo a Alfred Métraux, Raoul d’Harcourt y Paul Rivet) ha dinamizado la Société des Américanistes de Paris (reconocida de utilidad pública), decuplicado el número de socios del gremio, modernizado el formato y la presentación, conseguido la reimpresión desde el primer número de 1895 (por Johnson  Reprint, de Nueva York), la obtención del ISBN y ampliado la difusión del Journal des Américanistes. También aseguró la regularidad del Calendario de las reuniones mensuales de trabajo. Esfuerzo que culminó con la organización del XLII Congrès International des Américanistes (Congreso del Centenario, acompañado de celebraciones y conciertos), reunido en Paris en 1976; el cual tuvo cerca de 1500 participantes, y fue clausurado en la ciudad de Nancy, sede del I Congreso internacional de americanistas, organizado por el barón Guerrier de Dumast y los fundadores de la Société Américaine de France, presidida por Ed. Madier de Montjau, en 1875.